经过采收加工，吴茱萸的果实就成为了有药用价值的中药吴茱萸。它行为热、辛、苦，带有一点点小毒，归于肝、脾、胃、肾经。
1、它的功能主治。吴茱萸可以散寒止痛，降逆止呕，助阳止泻。经常是用于厥阴头痛，寒疝腹痛，寒湿脚气的治疗，对经行腹痛，脘腹胀痛，呕吐吞酸，五更泄泻、高血压也有显著的疗效。同时，它还可以外治口疮、溃疡、牙齿痛、湿疹等。内服的话可以是煎汤、入丸、制散，外用可以研末调敷或者煎水洗，也可以蒸热熨，方法多种。
2、它可以驱蛔虫和抗菌。吴茱萸醇提物对蛔虫有明显的作用，而用它的煎剂经过试验对霍乱弧菌有非常强的抑制功效，用吴茱萸的水浸剂还可以对絮状表皮癣菌和奥杜盎氏小芽胞癣菌等11种皮肤真菌有不同程度的作用。
3、它对神经系统有调节作用。吴茱萸对中枢神经有兴奋作用，还有增加颈动脉血流量，它的醇提物有镇痛的功效，有一种吴茱萸提出生物碱还有镇静睡眠的作用。
4、它的用药禁忌。吴茱萸有许多药用作用，但是要注意不是每一个人都可以服用。其中以阴虚火旺的人为主不能使用，例如《纲目》所言的走气、动火、昏目、发疮，脾胃虚弱冒暑的人都是不可以服用的。
吴茱萸可以和大枣、当归、党参、生姜、茴香等搭配服用，有针对性的治疗各种病症。当然，我们应该在医生的指导下服用药物，才可以保证效果和用量安全。